Estudios GWAS caso-control: Caracterización multivariante de SNPs basada en distancias y vecindarios

C. Arenas Sola, I. Irigoien Garbizu, S. Aranda Castel, ,. CIBERSAM Group, M. Mitjans Niubó, B. Cormand Rifà

Se presenta un método para estudios GWAS caso-control, basado en distancias y vecindarios. Obtiene una caracterización multivariante de cada SNP e identifica su posible asociación con el fenotipo de interés. Esta caracterización inicial permite considerar diferentes modelos genéticos subyacentes y contempla la posible subestructura poblacional. A partir de todos los SNPs, el método hace una selección amplia y va reduciendo su número hasta obtener una selección relevante de relativamente pocos SNPs. Asocia etiquetas de “efecto protector” o de “efecto de riesgo” a cada SNP y sugiere el modelo genético subyacente. Es una propuesta con una perspectiva local, que puede complementar métodos basados en perspectivas globales. Los resultados de su aplicación a datos reales de esquizofrenia muestran su utilidad para la predicción de nuevos individuos, se han ratificado SNPs previamente identificados en la literatura y se han señalado nuevos SNPs que podrían estar asociados con la esquizofrenia.

Palabras clave: GWAS caso-control vecindario distancias

I. Barranco Chamorro

A. Benito Díaz, M. P. Vicente-Galindo, M. Anciones-Polo, M. Montañés-Foz, R. Bodas-Rodríguez, J. J. García-García, A. Sarmiento-García

P. Blanco Alonso, M. Martínez Pizarro, M. Barrio Sánchez, M. Vallejo Pascual

F. Branquinho, A. Varea Oro, M. J. Ginzo Villamayor, R. Gaio

R. Caballero Águila, M. P. Frías Bustamante, A. Oya Lechuga

I. Rytck-Molodykh, A. Villalba-Ortiz, M. Roncero-Tarazona, T. Gómez-Navarro, J. M. Carot Sierra

A. A. Kishta Kishta, M. M. Dolcet-Negre, M. J. Rivas-López, R. García Alonso, N. Muñoz Rivas, A. Guzmán Carreras, J. I. Molina Puente, M. Méndez Bailó

P. Fortes González, A. URISARRI RUIZ DE CORTÁZAR, N. CARRERA CACHAZA, E. SÁNCHEZ CAZORLA, M. GARCÍA MURIAS, A. BARCIA DE LA IGLESIA, C. DIAZ RODRÍGUEZ, M. GARCÍA GONZÁLEZ

E. Francesch Domenech, A. Fernandez Calviño, S. Naya Fernández, J. Tarrío Saavedra

I. Armenteros Rojas, A. I. Gallardo Cordovilla, A. Bruno Chica, A. Pereira das Neves Yedig

M. J. García-Ligero Ramírez

C. Campos de Melo Sousa Silva, M. Febrero Bande, R. Gaio

M. J. Ginzo Villamayor

J. M. Gutiérrez Expósito

F. Gutiérrez Trujillo, J. D. Jiménez López, R. Fernandez-Alcala, J. Navarro Moreno, J. C. Ruiz Molina

L. Segurola Gil, U. Agirre Uria, A. M. Florez Tapia, I. Irigoien Garbizu

R. Caballero Águila, M. Jiménez Medina, A. Oya Lechuga

J. Linuesa Langreo

M. Marinescu