Nueva métrica de similitud para la comparación de conjuntos de tamaños dispares con aplicación en farmacogenómica.

M. J. Rivas Lopez, J. M. Sánchez-Santos, A. Berral-González, M. M. Arroyo, J. De las Rivas Sanz

El estudio de redes farmacogenómicas basadas en genes diana compartidos es vital, pues muchos fármacos oncológicos carecen de caracterización completa de sus dianas génicas, lo que restringe sus aplicaciones clínicas.
Proponemos una nueva similitud, el Índice-B, que es mayor que las métricas tradicionales cuando se comparan dos conjuntos, uno de ellos mucho más grande que el otro. Traducido a conjuntos de genes diana, este índice refleja mejor que el solapamiento de genes es más significativo si uno de los conjuntos es muy pequeño, por la poca probabilidad de que un gen concreto esté en el conjunto pequeño.
Para demostrar su utilidad, evaluamos las interacciones entre 124 fármacos oncológicos y 399 genes relacionados con el cáncer, probando que proporciona una alternativa a las métricas convencionales, y puede usarse tanto para validar perfiles farmacológicos conocidos como para descubrir nuevas asociaciones gen-diana que permitan el reposicionamiento de fármacos oncológicos.

Keywords: Similitud de conjuntos. Clustering. Farmacogenómica.

M. M. Alvarado, M. Mateo-Doll, J. Bautista-Valhondo

M. Á. Montero Alonso, A. Ruiz Vega, J. M. Melchor Rodríguez, J. D. Luna del Castillo

L. Núñez González, B. Temes Álvarez, A. Urisarri Ruiz de Cortázar, M. Gil Calvo, A. M. Barcia de la Iglesia, P. Oliveros Martínez, N. Carrera Cachaza, M. Á. García González, M. García Murias

N. Montiel, C. Pérez-Carral, P. J. Hidalgo, M. Ortega-Moreno, M. Ortega Moreno

L. Padrón Blanco

C. Patino Alonso, J. L. Molina González, F. Espejo Almodóvar, S. Zazo del Dedo, M. C. Molina González

P. Perez Fernandez, A. García Nogales

A. Pérez González, M. Conde Amboage

M. C. Robustillo, L. Naranjo, M. I. Parra Arévalo, J. Hernández, C. J. Pérez Sánchez

C. R. Palmero, J. P. RINCÓN-ZAPATERO

M. Rodríguez Barreiro, M. L. Carpente Rodríguez, S. Lorenzo Freire

I. Rodríguez Martín, H. Yaman

C. Ruiz de Porras Rubio, A. Sánchez Pla, C. Andrés-Lacueva, D. Garrido-Martín, A. Miñarro Alonso

J. Segura Gisbert, J. F. Morala Girón

M. Flores Sánchez, M. Soliz Villafuerte, S. Naya Fernández, J. Tarrío Saavedra

J. Proaño, M. Flores, J. Tarrío Saavedra, S. Naya

J. M. Sarabia Alegria, V. Jordá, M. Tejería-Martínez

M. Vallejo Pascual, M. Martínez Pizarro, P. Blanco Alonso

M. C. Vega Hernández, M. L. Pérez-Delgado, J. Á. Román-Gallego, M. Á. Conde González